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2004年中国十大生物医学论文

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发表于 2005-5-15 23:44:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
排名不分先后
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1、研究对象(学科):
鸡基因图谱
(基因组学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Wong GK, Liu B, Wang J, Zhang Y, Yang X, Zhang Z, Meng Q, Zhou J, Li D, Zhang J, Ni P, Li S, Ran L, Li H, Zhang J, Li R, Li S, Zheng H, Lin W, Li G, Wang X, Zhao W, Li J, Ye C, Dai M, Ruan J, Zhou Y, Li Y, He X, Zhang Y, Wang J, Huang X, Tong W, Chen J, Ye J, Chen C, Wei N, Li G, Dong L, Lan F, Sun Y, Zhang Z, Yang Z, Yu Y, Huang Y, He D, Xi Y, Wei D, Qi Q, Li W, Shi J, Wang M, Xie F, Wang J, Zhang X, Wang P, Zhao Y, Li N, Yang N, Dong W, Hu S, Zeng C, Zheng W, Hao B, Hillier LW, Yang SP, Warren WC, Wilson RK, Brandstrom M, Ellegren H, Crooijmans RP, van der Poel JJ, Bovenhuis H, Groenen MA, Ovcharenko I, Gordon L, Stubbs L, Lucas S, Glavina T, Aerts A, Kaiser P, Rothwell L, Young JR, Rogers S, Walker BA, van Hateren A, Kaufman J, Bumstead N, Lamont SJ, Zhou H, Hocking PM, Morrice D, de Koning DJ, Law A, Bartley N, Burt DW, Hunt H, Cheng HH, Gunnarsson U, Wahlberg P, Andersson L, Kindlund E, Tammi MT, Andersson B, Webber C, Ponting CP, Overton IM, Boardman PE, Tang H, Hubbard SJ, Wilson SA, Yu J, Wang J, Yang H; International Chicken Polymorphism Map Consortium.

A genetic variation map for chicken with 2.8 million single-nucleotide polymorphisms.
Nature. 2004 Dec 9;432(7018):717-22.

发表论文的研究机构和地方: Beijing Institute of Genomics of Chinese Academy of Sciences, Beijing Genomics Institute, Beijing Proteomics Institute,北京



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2、研究对象(学科):
家蚕基因图谱

(基因组学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等:  Xia Q, Zhou Z, Lu C, Cheng D, Dai F, Li B, Zhao P, Zha X, Cheng T, Chai C, Pan G, Xu J, Liu C, Lin Y, Qian J, Hou Y, Wu Z, Li G, Pan M, Li C, Shen Y, Lan X, Yuan L, Li T, Xu H, Yang G, Wan Y, Zhu Y, Yu M, Shen W, Wu D, Xiang Z, Yu J, Wang J, Li R, Shi J, Li H, Li G, Su J, Wang X, Li G, Zhang Z, Wu Q, Li J, Zhang Q, Wei N, Xu J, Sun H, Dong L, Liu D, Zhao S, Zhao X, Meng Q, Lan F, Huang X, Li Y, Fang L, Li C, Li D, Sun Y, Zhang Z, Yang Z, Huang Y, Xi Y, Qi Q, He D, Huang H, Zhang X, Wang Z, Li W, Cao Y, Yu Y, Yu H, Li J, Ye J, Chen H, Zhou Y, Liu B, Wang J, Ye J, Ji H, Li S, Ni P, Zhang J, Zhang Y, Zheng H, Mao B, Wang W, Ye C, Li S, Wang J, Wong GK, Yang H; Biology Analysis Group.

A draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori).
Science. 2004 Dec 10;306(5703):1937-40。

发表论文的研究机构和地方: Southwest Agricultural University,重庆

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3、研究对象(学科):
水黾腿的疏水性
(生物物理学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Gao X, Jiang L.

Biophysics: water-repellent legs of water striders.
Nature. 2004 Nov 4;432(7013):36

发表论文的研究机构和地方: Key Laboratory of Organic Solids, Institute of Chemistry,北京

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4、研究对象(学科):
诵读困难与文化
(神经物学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Siok WT, Perfetti CA, Jin Z, Tan LH.

Biological abnormality of impaired reading is constrained by culture.
Nature. 2004 Sep 2;431(7004):71-6.

发表论文的研究机构和地方: Cognitive Neuroscience Laboratory, Department of Linguistics, University of Hong Kong,香港

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5、研究对象(学科):
自花授粉的机制
(植物学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等:  Wang Y, Zhang D, Renner SS, Chen Z.

Botany: a new self-pollination mechanism
Nature. 2004 Sep 2;431(7004):39-40.


发表论文的研究机构和地方: South China Botanical Garden, The Chinese
Academy of Sciences,广州



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6、研究对象(学科):
果蝇视觉
(神经生物学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Tang S, Wolf R, Xu S, Heisenberg M

Visual pattern recognition in Drosophila is invariant for retinal position.
Science. 2004 Aug 13;305(5686):1020-2.

发表论文的研究机构和地方: Institute of Biophysics Academia Sinica,北京

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7、研究对象(学科):
小春虫
(古生物学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Chen JY, Bottjer DJ, Oliveri P, Dornbos SQ, Gao F, Ruffins S, Chi H, Li CW, Davidson EH.

Small bilaterian fossils from 40 to 55 million years before the cambrian.
Science. 2004 Jul 9;305(5681):218-22.

发表论文的研究机构和地方: Nanjing Institute of Geology and Paleontology,南京

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8、研究对象(学科):
禽流感病毒
(流行病学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Li KS, Guan Y, Wang J, Smith GJ, Xu KM, Duan L, Rahardjo AP, Puthavathana P, Buranathai C, Nguyen TD, Estoepangestie AT, Chaisingh A, Auewarakul P, Long HT, Hanh NT, Webby RJ, Poon LL, Chen H, Shortridge KF, Yuen KY, Webster RG, Peiris JS.

Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia.
Nature. 2004 Jul 8;430(6996):209-13.


发表论文的研究机构和地方: Joint Influenza Research Centre (SUMC & HKU), Shantou University Medical College, 汕头

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9、研究对象(学科):
光捕获复合体
(结构生物学)
作者/论文题目/期刊名/卷期页等:  Liu Z, Yan H, Wang K, Kuang T, Zhang J, Gui L, An X, Chang W

Crystal structure of spinach major light-harvesting complex at 2.72 A resolution.
Nature. 2004 Mar 18;428(6980):287-92.


发表论文的研究机构和地方: National Laboratory of Biomacromolecules, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences,北京


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10、研究对象(学科):
SARS

(流行病学/基因组学)
Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium.

作者/论文题目/期刊名/卷期页等: Epidemiology group: Jian-Feng He,1† Guo-Wen Peng,1 Jun Min,2 De-Wen Yu,1 Wen-Jia Liang,1 Shu-Yi Zhang,3 Rui-Heng Xu1‡ Virology group: Huan-Ying Zheng,1† Xin-Wei Wu,4† Jun Xu,5 Zhan-Hui Wang,6 Ling Fang,1 Xin Zhang,1 Hui Li,1 Xin-Ge Yan,1 Jia-Hai Lu,1 Zhi-Hong Hu,7 Ji-Cheng Huang,1 Zhuo-Yue Wan,1‡ Jin-Lin Hou,6‡ Jin-Yan Lin1‡ Molecular biology group: Huai-Dong Song,8† Sheng-Yue Wang,9† Xiang-Jun Zhou,10† Guo-Wei Zhang,8 Bo-Wei Gu,8 Hua-Jun Zheng,9 Xiang-Lin Zhang,9 Mei He,10 Kui Zheng,1 Bo-Fei Wang,9 Gang Fu,9 Xiao-Ning Wang,6 Sai-Juan Chen,8 Zhu Chen8,9‡ Data analysis group: Pei Hao,11,12† Hua Tang,13† Shuang-Xi Ren,9† Yang Zhong,12,14† Zong-Ming Guo,12 Qi Liu,11 You-Gang Miao,11 Xiang-Yin Kong,11 Wei-Zhong He,12 Yi-Xue Li,11,12 Chung-I Wu,13‡ Guo-Ping Zhao9,11‡§ Chinese University of Hong Kong group: Rossa W. K. Chiu,15† Stephen S. C. Chim,15 Yu-kwan Tong,15 Paul K. S. Chan,16 John S. Tam,16 Y. M. Dennis Lo15‡


Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China.
Science. 2004 Mar 12;303(5664):1666-9.



1Guangdong Center for Disease Control and Prevention, 176 Xingangxi Road, Guangzhou 510300, Guangdong, China. 2Second Affiliated Hospital of Sun Yat-Sen University, 107 Yanjiang West Road, Guangzhou 510120, Guangdong, China. 3Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, 19 Zhongguancun Road, Haidian, Beijing 100080, China. 4Guangzhou Center for Disease Control and Prevention, 23 Third Zhongshan Road, Guangzhou 510080, Guangdong, China. 5Guangzhou Institute of Respiratory Disease, 151 Yanjiang West Road, Guangzhou 510120, Guangdong, China. 6Department of Infectious Diseases and Molecular Immunology, Nanfang Hospital, First Medical University of PLA, Guangzhou 510515, Guangdong, China. 7Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences, 44 Xiaohongshan, Wuhan 430071, Hubei, China. 8State Key Laboratory for Medical Genomics/Poˆle Sino-Franc竌is de Recherche en Sciences du Vivant et Ge′nomique, Ruijin Hospital Affiliated to Shanghai Second Medical University, 197 Rui Jin Road II, Shanghai 200025, China. 9Chinese National Human Genome Center at Shanghai, 250 Bi Bo Road, Zhang Jiang High Tech Park, Shanghai 201203, China. 10School of Pharmacy, Shanghai Jiaotong University, 1954 Huashan Road, Shanghai 200030, China. 11Bioinformation Center/Institute of Plant Physiology and Ecology/Health Science Center,Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai 200031, China. 12Shanghai Center for Bioinformation Technology, 100 Qinzhou Road, Shanghai 200235, China. 13Department of Ecology and Evolution, University of Chicago, 1101 E. 57th Street, Chicago, IL 60637, USA. 14School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200433, China. 15Department of Chemical Pathology, 16Department of Microbiology, Chinese University of Hong Kong, Prince of Wales Hospital, Shatin, New Territories, Hong Kong Special Administrative Region, China. †These authors contributed equally to this work.



发表论文的研究机构和地方: Corresponding authors for each group. §Corresponding author for overall work. E-mail:gpzhao@sibs.ac.cn,上海


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2004年中国十大生物医学论文编制说明及评论

碧云天生物技术研究所 2005年1月15日
   在2004年中国十大生物医学论文的编制过程中,我们欣喜地发现中国的高水平生物医学论文较2003年有了不小进步。2003年除了古生物学外,发表在Nature和Science上的生物医学论文只有6篇。而2004年除了古生物学外,发表在Nature和Science上的生物医学论文共有11篇。很遗憾由于十大生物医学论文数目上的限制,复旦大学发表在Nature上的一篇遗传学论文没有能够入选,另外还有近10篇具有世界领先水平的古生物学的研究论文也没有入选。但2004年发表在Nature和Science上的论文比中国代表队在雅典拿到的奥运金牌的数量还是少了不少,并且在2004年中国在Cell上没有论文发表。
   中国科学院生物物理研究所常文瑞研究员实验室在Nature上发表的封面article被评选为2004年中国最佳生物医学论文。Nature article加上封面论文,就已经有足够的理由成为最佳。尽管有些媒体把赵国屏教授领衔的SARS研究列为2004年中国十大科研成果的首位,但作为中国的十大生物医学论文这篇论文有部分工作是由国外研究单位完成的,显得成色不足。另外,对于SARS的研究中国处于相对的垄断地位,做出世界一流的工作,并不代表在这一领域的科研实力已经达到世界领先水平。这一点和古生物学的研究有一定的相似之处。结构生物学的研究是生物医学的重要组成部分,但不是生物医学研究的主流方向。常文瑞研究员实验室发表的这篇Nature论文的入选,对于我们而言也是无奈之举,希望以后能出现高水平的主流方向的生物医学研究论文,成为年度最佳生物医学论文。

   由于评选出的是年度最佳生物医学论文和年度十大生物医学论文,我们无法考察这些论文产生的实际影响力,或者是引用次数等。我们只能比较武断地把中国在2004年在Nature、Science和Cell这三大杂志上发表的论文作为入围论文,然后进行评选。对于研究样品为稀有资源的,或者一些比较冷僻的研究,会酌情给予较低的分数。

   2004年中国十大生物医学论文,从地域分布上来看,北京是最大的赢家,共有四片论文入选,并且夺得2004年最佳生物医学论文。碧云天2003年中国十大生物医学论文特约评论中提到的潜力城市广州和南京,不负众望,各有一篇论文入选。重庆和汕头则成为2004年中国十大生物医学论文中的黑马,也各有一篇论文入选。去年由于SARS而在2003年十大生物医学论文中占有三篇论文的香港,2004年只有一篇入选也算比较正常。上海在2004年中国十大生物医学论文仅有赵国屏教授领衔的一篇多军团作战的论文入选,这与上海的实际科研水平有些不完全相符。如果评选的是2004年百大生物医学论文,上海肯定是最大的赢家。这也说明了上海尽管整体研究水平较高,但能达到世界领先水平的,至少在2004年,相较与其它城市还是要少一些。

   从发表论文的单位来看,中国科学院独占四篇,保持了其在中国生物医学领域的龙头地位。其中中国科学院生物物理研究所独占两篇,并赢得2004年中国最佳生物医学论文。其中北京的中国科学院生物物理研究所、上海的国家人类基因中心和香港大学都已经连续两年有论文入选中国十大生物医学论文了。期待会出现在2004年中国十大生物医学论文中的中国科学院上海生命科学研究院,让大家又一次失望了。但在2005年中国十大生物医学论文中相信会有中国科学院上海生命科学研究院出现,据悉该院最近有一篇论文已经被三大杂志之一正式接受了。很遗憾,去年有论文入选的台湾今年没有论文入选。

   从研究的内容上来看,基因组学占了2.5篇(关于SARS研究的论文基因组学和流行病学各算0.5篇),神经生物学2篇,流行病学1.5篇,生物物理学、植物学、古生物学和结构生物学各一篇。基因组学的研究独占鳌头,一方面显示了我国在基因组学这一新兴的研究领域已经处于世界先进水平,但另一方面也显示了中国在生物医学研究领域的不足,似乎只能做一些大规模测序这样的粗活笨活。这样自然会导致中国和诺贝尔奖渐行渐远,而中国人的诺贝尔奖情节越来越深。让人感到震惊的是,2004年中国十大生物医学论文中居然没有一篇真正意义上的关于分子机制方面的研究。尽管这入选的这十篇论文其重要性和科学意义和科学价值都不容置疑,没有分子机制方面的研究,这些研究论文的研究深度就难免有限了。

   从论文的作者数量上来看,有4篇论文是大军团作战。其中赵国屏教授领衔的SARS研究竟然是超级多兵团作战。出现在论文上的署名居然是Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium,然后在脚注中列出了这个超级多兵团的组成人员。关于水黾腿的疏水性的研究论文只有两个作者,这在中国还是非常罕见的。

   另外值得一提的是,赵国屏教授领导的研究团队成为唯一连续两年有研究论文入选中国十大生物医学论文的研究团队。

   希望在2005年,中国的生物医学研究人员在生命科学的最前沿取得更多更好的研究成果!
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发表于 2005-6-2 10:55:15 | 显示全部楼层
江山代有人才出呀

提供新手Rt-PCR实验操作指南

Rt-PCR实验步骤
一、实验器具与材料:
1、移液枪:1ml、200μl、20μl、10μl、2μl
2、吸头:1ml、200μl、20μl
3、匀浆管:5ml
4、吸头台:放置1ml吸头的一个,放置20μl吸头的一个
5、EP管:1.5ml、0.2ml、100μl
6、试剂瓶:2个60ml的棕色试剂瓶(广口,带盖)
1个125ml的白色试剂瓶(放无水乙醇)
7、量筒:50ml、250ml、500ml
8、容量瓶:250ml、500ml、1000ml
9、试管架:5ml、1.5ml、20μl
10、盐水瓶:250ml、500ml各2个备用,一个装无水乙醇,另一个装DEPC水
11、铝制饭盒:4个
12、塑料小饭盒:1个
13、大瓷缸:2个
14、锡泊纸:一卷
15、卷纸:2卷
16、三角烧瓶:带盖,稍大
二、实验器具的处理与准备
1、塑料制品:(包括枪头、EP管、匀浆管等)
先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中,将塑料制品逐个浸泡其中,其中小枪头需要吸管打入DEPC水,过夜,然后高压,再烤干备用,实验前将枪头等放入吸头台,再高压一次(EP管)
2、玻璃制品:泡酸过夜,冲洗干净,蒙锡纸烤干备用(DEPC水泡)(洗净后先泡1‰DEPC过夜,再烤干)
3、匀浆器:(包括剪刀、镊子)先洗净后,再高压(不需要泡DEPC)
三、试剂配制:
1、DEPC水:吸出1ml放在1000ml双蒸水中配成1‰DEPC水,放在1000ml容量瓶中静置4小时备用。
2、75%乙醇:用无水乙醇+DEPC水配,然后放-20℃保存(其中DEPC水需先高压)
3、异丙醇:放入棕色瓶中
4、氯仿:放入棕色瓶中
5、琼脂糖
四、几种缓冲液的配制:
1、电泳缓冲液:
Tris  54g
          硼酸  27.5g
0.5M EDTA  20ml? pH8.0
蒸溜水  1000ml


5×TBE  (贮存液)
再将5×TBE稀释10倍成0.5TBE就可以在电泳时使用(即工作液浓度),如取50ml贮存液+450ml水——→500ml工作缓冲液
2、上样缓冲液:
0.25%溴酚蓝
0.25%二甲苯青FF
30%甘油


6×缓冲液,4℃保存
五、琼脂糖凝胶的配制:
1、1.0%:
1.0g琼脂糖+100ml电泳缓冲液,微波炉中火30秒至沸腾,熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl,充分混匀,将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中,在室温下放置30-45min后现进行电泳。
2、1.5%:
同上,将琼脂糖的量改为1.5g
六、需购置的Rt-PCR材料:
(生工.  Tel.  2236106.)
Taq酶(含MgCl2  Buffer)  200u  70.00
dNTP: 1支
oligo(dT)15: 1 OD   40.00  promega
M-MLV: 1支     250.00  promega (Buffer)
RNasin: 1支      110
—— -20℃
DEPC  5g  110.00
Trizol   100ml/1瓶   Invitrogen  Life technologies
—— 4℃
Marker: 10μg   0.2μg/ml  150.00  科威
(1543.  994.  697.  515.  377.  231)
七、引物合成
1、内参照:
GAPDH
正义:5′—ACCACAGTCCATGCCATCAC—3′
反义:5′—TCCACCACCCTGTTGCTGTA—3′
β-actin
正义:5′—CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC—3′
反义:5′—TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT—3′
2、par-4:
正义:5′—GGGACCTCGGAACTCAAC—3′
反义:5′—TGTATCTGCCTGGGACTG—3′
3、退火温度计算
2(A+T)+4(G+C)
正反义平均数,再上下波动度(±4℃,或±5℃)
4、引物各合成5 OD,每OD一瓶分装好
5、引物稀释:
加DEPC水量为(μl)
= ? nmol / OD × 管上所标OD数×100
是为10p mol / μl 浓度的引物溶液
八、PCR产物电泳
先将1-10μl左右PCR产物,加已点在纸上的溴酸兰,反复吸打混匀后进行电泳,一般电流为10mA,电源100V,电泳30分钟,紫外灯下观察,满意的结果扫描打印。
九、几个注意点:
1、逆转录的关键步骤是立即冰水浴?
2、Rt时,先打开PCR预热30分钟。
3、RNA抽提前,打开离心机预冷。
TRIzol法抽提总RNA
细胞1×107
组织100mg

加1mlTRIzol
细胞用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块

匀浆(要彻底,后转至EP管)
(组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管)

颠倒混匀10下,室温5分钟

加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5)

颠倒混匀10下,室温5分钟

4℃,离心12000g,15分钟

转上层水相(约400μl)于另一1.5mlEP管中

加等体积异丙醇(约400μl),混匀室温10分钟

4℃,离心12000g,10分钟

弃上清

加冰预冷的75%乙醇(用DEPC水配)1ml

4℃离心7500g,5分钟

弃上清,空气干燥5-10分钟(不能完全干燥)

溶于DEPC水中至20μl(10μl-20μl)
(可在55-60℃水中,<10分钟助溶)
注:
1、RNA若用于核酸转移应溶解于样本缓冲液中,否则DEPC溶解
2、细胞组织加TRIzol匀浆后,可在-60℃放置至少一个月(甚至可一年以上)
3、RNA在75%乙醇中,2-8℃至少可保存一周,-20℃至少可保存一年
两步法RT-PCR
(第一步:逆转录反应)
试剂       浓度          体积         终浓度 RNA                  23μl(11.5μl) Oligo(dT)15  0.05μg/μl       4μl(2μl)      0.005μg/μl   
(稀释10倍后用)

混匀,离心,70℃ 5min

立即冰水浴,稍离心

试剂     浓度     体积     终浓度
M-MLV Buffer     5×     8μl  (4μl)     1×
dNTP     10mM     2μl  (1μl)     0.5mM
RNasin     40U/μl     1μl  (0.5μl)     20μ
M-MLV     200U/μl     2μl  (1μl)     200U
总体积40μl(20μl)

混匀,离心,42℃ 60min

95℃ 10min(破坏MLV)

4℃保存
两步法RT-PCR
(第二步:PCR反应)
总体积20μl(50μl)
试剂     浓度     体积     终浓度
Taq Buffer     10×     2μl   (5μl_)     1×
MgCl2     25mM     1.2μl  (3μl)     1.5mM
dNTP     10mM     0.2μl  (0.5μl)     <200uM
上游引物     10pmol/μl     0.3μl  (1μl)     10pmol
下游引物     10pmol/μl     0.3μl  (1μl)     10pmol
cDNA模板         X  (?)  (1-10μl)     
DEPC水         20μl—4.3μl—X     
Taq酶     2.5U/μl     0.3μl  (1μl)     2.5U/μl

混匀

97℃,5分钟

立即冰水浴

混匀

95℃     5分     预变性
94℃     30秒     变性
X℃     40秒     退火
72℃     30秒     延伸
72℃     7分     终末延伸
28-36循环,4℃保温         
三、电泳:
加1-10μl PCR产物+溴芬兰(1-2.5μl)混匀,加样,电泳。
注意:Taq酶、M-MLV、Rnasin等-20℃保存,操作时置于冰上。DNTP勿反复冻融。
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发表于 2005-6-23 23:58:30 | 显示全部楼层
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