先生将方法分为三个层次:(1)世界观、历史观思维方法;(2)归纳、演绎等求证方法(此后概括为“认识论意义的方法”);(3)经济学、社会学等专业和技术研究方法。在“史无定法”原则下,直接适用于中国经济史研究的主要方法:(1)经济计量学方法(明中叶以前不适用,因古代文献不准确、记载不连续等);(2)发展经济学方法(研究欠发达国家,特别是考察长期趋势可借鉴,注意比较研究,二元经济论等均可用);(3)区域经济史方法(区域内与区域间两者应同时进行,中地理论(central place theory) 提出经济发展由核心地区向边缘地区扩散,可考察移民、贸易、交通等及核心与边缘地区的关系和城市与市镇研究,有利于展现经济发展的不平衡性);(4)社会学方法(源于社会学的结构理论、行为和功能学说及人口、心态等成为经济学的内容。可借鉴社会学的整体思考、比较研究、社会底层研究与社会调查方法等)。他欣赏布罗代尔(Fernand Braudel)长、中、短时段的历史研究体系,但其份量大应分工进行。总之,可因对象和条件不同而采用不同的方法,重要的是该方法本身的实用性及其对所研究的问题和现有资料的适用性。选用理论,主要是启发性的而不是实证性的;没有一种万能的方法,而应集众家之长,也可多种方法并用。先生的方法论随着研究的深入也不断发展完善。