《穿越时空的少女》上映后获得了极高的票房,仅36天就突破了一亿日元的收入。据调查现实,《穿越时空的少女》曾获得了2005“最令人满意”“最吸引人之预告片”的荣誉。影片在日本东京取景,无论是纵横的街道,还是高耸的摩天大楼,都采用客观写实的手法,特别是美术导演山本二三的全心投入与努力,使影片极富美感。奥寺佐渡子(凭《学校怪谈》获得最佳编剧奖)的剧本修改也为影片增色不少,奥寺佐渡子还表示,由于这是他首次参与动画制作,所以投入了全部的精力,希望能得到观众的认可。与此同时,剧组还发售了《穿越时空的少女》单行本,并在其中增加制作花絮、访谈等内容,精采绝伦,同时又大赚了一笔。
《穿越时空的少女》还受到了西班牙锡切斯(Sitges)国际电影节的邀请,并获得了长篇动画奖,与其一起的搭配提名的影片还有《银发的阿基多》、《红辣椒》、《立食师列传》、《死者之书》和《Blood Tea and Red Strings》。