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常用生物信息学数据库和分析工具网址

数据库
因特网网址

网上生物信息学教程
　

EMBL biocomputing tutorials　
http://www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.html

Plant genome dababase tutorial
http://www.nal.usda.gov/pgdic

　

生物信息学机构
　

NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/

EBI
http://www.ebi.ac.uk/

USDA
http://www.nal.usda.gov/

Sanger Centre
http://genomic.sanger.ac.uk/

北京大学生物信息学中心
http://www.cbi.pku.edu.cn

　

数据库信息发布及其它
　

GenBank Release Notes
ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt

dbEST summary report
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbESTsummarv.html

EMBL release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl

DDBJ release notes　　　
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html

Eukaryotic promoter database release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

SwissProt release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot

PIR release notes　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pir

PRF release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf

PDBSTR release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr

Prosite release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite

PDB release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb

KEGG release notes　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway

　

核苷酸数据库
　

GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

dbEST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html

dbSTS
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html

dbGSS
http://www2.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html

Genome (NCBI)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/Genome/org.html

dbSNP
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

HTGS
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/

UniGene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/

EMBL核苷酸数据库　　　
http://www.ebi.ac.uk/embl

Genome (EBI)
http://www.ebi.ac.uk/genomes/

向EMBL数据库提交序列
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html

DDBJ　　
http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Plant R gene database
http://www.ncgr.org/rgenes

　

　

启动子数据库
　

Eukaryotic promoter database
http://www.epd.isb-sib.ch

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

　

转录因子数据库
　

FRANSFAC
http://transfac.gbf.de

ooTFD
http://www.ifti.org

　

蛋白质数据库
　

SWISS-PROT或TrEMBL　　　
http://www.ebi.ac.uk/swissprot/

http://www.expasy.ch/sprot/

PIR
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

PRF　　　
http://www.prf.or.jp/

PDBSTR
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today

Prosite　　
http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html

　

结构数据库
　

PDB　　　
http://www.rcsb.org/pdb

http://www.pdb.org

NDB　　　
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html

http://ndbserver.rutgers.edu/

DNA-Binding Protein Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB ... /dnabind/index.html

NMR Nucleic Acids Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html

Protein Plus Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB ... /protein/index.html

Swiss 3Dimage　　
http://www.expasy.ch/sw3d/

SCOP　　
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

CATH　　
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

　

酶、代谢和调控路径数据库
　

KEGG　
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

Enzyme Nomenclature Database　　　
http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html

Protein Kinase Resource (PKR)
http://www.sdsc.edu/kinases/

LIGAND　　　
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

WIT　　　
http://www.cme.msu.edu/WIT/

EcoCyc　
http://ecocyc.PangeaSystems.com/ecocyc/

UM-BBD　　　
http://www.labmed.umn.edu/umbbd/

多种代谢路径数据库
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html

基因调控路径数据库(TRANSPATH)
http://transfac.gbf.de

　

基因组数据库
　

日本水稻基因组数据库(RGP)
http://rgp.dna.affrc.go.jp

华大水稻基因组框架图
http://www.genomics.org.cn

欧洲水稻测序（第12染色体）
http://www.genoscope.cns.fr

拟南芥基因组数据库
http://www.arabidopsis.org

USDA Database　
http://www.nal.usda.gov/

Demeter’s Genomes
http://genome.cornell.edu

RiceGenes　　
http://genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?db=ricegenes

RiceBlastDB　
http://genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?db=riceblastdb

FlyBase
http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?FBgn0003075

Mouse Genome Informatics
http://www.informatics.jax.org/bin/query_accession?id=MGI:97555

Saccharomyces Genome Database
http://genome-www.stanford.edu/c ... nd+Locus+%22PGK1%22

多种基因组数据库
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb

　

文献数据库
　

PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

OMIM
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/

Agricola
http://www.nal.usda.gov/ag98/

　

关键词为基础的数据库检索
　

Entrez　　
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/

Entrez Nucleotide Sequence Search　
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/nucleotide.html

Entrez Protein Sequence Search　
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/protein.html

Batch Entrez　
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/batch.html

Sequence Retrieval System, India
http://bioinfo.ernet.in:80/srs5/

Sequence Retrieval System, Singapore　　　
http://www.bic.nus.edu.sg:80/srs5/

Sequence Retrieval System, US　
http://iubio.bio.indiana.edu:80/srs/srsc

Sequence Retrieval System, UK　
http://srs.ebi.ac.uk/

GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Search
http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html

Database Search with Key Words　
http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html

DBGET/LinkDB　
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

　

序列为基础的数据库检索
　

BLAST　
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

FASTA　
http://www2.ebi.ac.uk/fasta3/

BLITZ　　
http://www2.ebi.ac.uk/bicsw/

SSearch
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi

Electronic PCR
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/STS/

Proteome analysis
http://www.ebi.ac.uk/proteome/

　

多序列分析
　

Clustal multiple sequence alignment
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/Options/clustalw. html

BCM
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.html

EBI ClustalW analysis
http://www.ebi.ac.uk

　

系谱分析
　

PAUP　　
http://onyx.si.edu/PAUP/

EBI ClustalW analysis
http://www.ebi.ac.uk

GCG package　　　
http://www.gcg.com/

PHYLIP
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

MEGA/METREE
http://www.bio.psu.edu/imeg

Hennig86　　　
http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html

GAMBIT
http://www.lifesci.ucla.edu/mcdb ... /Research/Programs/

MacClade　　
http://phylogeny.arizona.edu/macclade/macclade.html

Phylogenetic analysis
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html

　

基因结构预测分析
　

GENSCAN　
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

GeneFinder
http://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml

http://www.softberry.com/nucleo.html

Gene Feature Searches　　　
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/

Grail　　　
http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

GrailEXP
http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/

GeneMark
http://genemark.biology.gatech.edu/GeneMark/hmmchoice.html

Veil　
http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/veil.html

AAT　　　
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html

GENEID
http://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html

Genlang　
http://cbil.humgen.upenn.edu/~sdong/genlang_home.html

GeneParser　
http://beagle.colorado.edu/~eesnyder/GeneParser.html

Glimmer
http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/glimmer.html

MZEF　　
http://www.cshl.org/genefinder

Procrustes　　
http://www-hto.usc.edu/software/procrustes/

　

蛋白质结构预测分析
　

Expasy　
http://www.expasy.ch/

Predicting protein secondary structure
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html

Predicting protein 3D Structures　　　
http://dove.embl-heidelberg.de/3D/

Predicting protein structures
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html

　

其它分析工具和软件
　

Putative DNA Sequencing Errors Check　　
http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

MatInspector
http://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl

FastM　　
http://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl

Web Signal Scan　
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html

BCM Search Launcher　　　
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-util/seq-util.html

Webcutter　　
http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html

Translate DNA to protein　　
http://www.expasy.ch/tools/dna.html

ABIM　　
http://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html

sequence motifs:
　

Pfam　　　
http://www.sanger.ac.uk/Pfam/

http://pfam.wustl.edu/

ProDom
http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html

PRINTS
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/

　

其它
　

多种数据库、分析工具和生物信息学机构
http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools

多种数据库和分析工具
http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Comparative sequence analysis
http://www.bork.embl-heidelberg.de/

　

功能基因组分析
　

Transcription profiling technologies
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology　　
http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays
http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML/

Examples of commercially available filter arrays:
　

GeneFiltersTM (Research Genetics)　　　
http://www.resgen.com

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)　　　
http://www.genomesystems.com

AtlasTM Arrays (CLONTECH)　　
http://www.clontech.com