bioperl语言相关应用

yuji8

第一阶段：入门期。建议用书：《生物信息学-- 基因和蛋白质分析的实用指南》（下载：http://www.bio-soft.net/ ) 或 《生物信息学》（下载同上）该阶段目标：弄清生物信息学的一些基本概念，研究内容等，并结合实例亲手进行DNA序列的查找，BLAST，FASTA等分析。
第二阶段：深入期
建议用书：Beginning Perl for Bioinformatics、Mastering Perl For Bioinformatics、Oreilly BLAST（下载：http://www.dnathink.org）
推荐网站：www.bioperl.org
要真正的领会生物信息学的精髓，必须亲自进行应用程序的编写。目前用于生物信息学软件开发程序语言有：perl python java 等，但perl最流行和较成熟。故笔者推荐PERL。
该阶段目标：掌握PERL语言，结合开放的源程序（如BLAST、BIOPERL MODULE，特别是几个经典的module）研究透几个经典的算法：如Needleman-Wunsch、Smith-Waterman、Dynamic Programming等，并亲自编写、改进程序以适合己用。
学习编程、算法可能对未接触过它的生物学生是一个瓶颈，但只有翻过这座山，生物信息学的学习才能上一个档次。(学习PERL语法，可结合Beginning Perl for Bioinformatics一书和中文教程http://www.webyy.com/xuexi/pc/perl5/
普通例子结合分子生物学例子，更有针对性）
（附：windows环境下的PERL编译器：ActivePerl (下载：
http://aspn.activestate.com/ASPN/Downloads/ActivePerl/ )