人类基因组单体型图第二代版本问世

jsphsz

“国际人类基因组单体型图研究项目联合体”（International HapMap Consortium）已经完成人类基因组单体型图第二代版本。第二代版本的人类基因组单体型图比最初版本对人类遗传变异做了更广泛的描绘，所包括的基因标记的数量是最初版本的三倍（Article p. 851）。最初版本的人类基因组单体型图使在整个基因组范围内进行大规模关联研究成为可能。本期Nature介绍了第二代版本的人类基因组单体型图何以能使这种类型的研究工作更进一步：Sabeti等人在以前工作的基础上，试图寻找人类基因上积极自然选择的标志。现在由于新增了很多基因标记，他们发现了三例基于地域的明显的族群特定性选择，分别涉及与西非的Lassa病毒、与欧洲的皮肤色素沉积和与亚洲的毛囊发育等相关的基因对，他们还对这些基因对与人类生物学有何关系进行了推测。



由美、加、中、日、英以及尼日利亚等国的研究机构组成的国际人类基因组单体型图组织（International HapMap Consortium）在10月18日出版的《自然》杂志上发表了两篇论文，宣告继2005年底第一张人类遗传变异图谱公布后，第二代人类遗传变异单体型图（Phase II HapMap）正式出炉，它的基因标记数量约为前一图谱的三倍。这一成果无疑将为常见人类疾病研究注入强大动力，同时也有望带来更多关于环境因素塑造人类基因组的认识。  

在遗传层面上，任何两个人都是99%相同的。然而，正是这似乎微不足道的差异却造成了每个人对不同疾病的易感性差异。这也是人类目前急欲探索的奥秘。  

获得第二代人类遗传变异单体型图所利用的DNA样本与第一代图完全相同，它们来自世界各地不同人种的270个血液样本。国际单体型图组织在论文中表示，第二代单体型图共包括310万个遗传变异，或者称为单核苷酸多态性（SNP），这大约占研究样本共同遗传变异的25%—35%。分辨率更高的遗传变异图谱必定会为科学家利用全基因组关联分析（GWA）进行疾病遗传研究提供更为精确的目标。  

新的遗传图谱的另一个重要作用是揭示人类进化过程中发生的遗传变异以及具体结构。对比研究表明，每个人种大约10%—30%的同源DNA延伸片断具有共同特征，这表明他们源自同一祖先。同时，新的图谱还让研究人员更精确量化了不同种类人类基因的打乱和重组，他们发现，与细胞表面或外部功能相关的蛋白编码基因重组速率较快，尤其是与机体免疫系统相关的基因，它们具有最快的重组速率，比最慢的基因重组速率快6倍。  

新的图谱还可以帮助确定人类在最近的一段历史中所发生的关键变异。利用它，MIT与哈佛大学Broad研究所小组从人类基因组中确定了数百种最新的正向自然选择的痕迹。类似相关的研究还有很多，详情请见NIH官方报道。  

值得一提的是，第二代人类遗传变异单体型图已经可以从HapMap数据协调中心获取，网址为：http://www.hapmap.org, 美国NIH的国家生物技术信息中心和日本JSNP数据库也有相关数据，二者的链接分别为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/index.html和http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp