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[【经验与求助】] PCR产物酶消化后直接用于测序protocol

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发表于 2007-8-22 07:40:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
PCR产物中残余的引物和dNTP是影响测序反应的主要成分。Exonuclease I是单链特异性3'→5'核酸外切酶,从ssDNA的3'-OH末端分解生成5'-单核苷酸,对单链DNA的特异性非常高,但不分解双链DNA及RNA,在本反应中被用来降解残余的引物。
SAP(shrimp alkaline phosphatase)催化所有磷酸单酯的水解,使dNTP降解成dNDP,但不能催化磷酸二酯以及磷酸三酯的水解,也能催化ATP等焦磷酸键水解。该酶与BAP以及CIAP的不同之处在于其可以通过65℃,15分钟的热处理不可逆失活。在本反应中被用来降解残余的dNTP

1.  选取只有单条主带的PCR产物作为模板,本protocol不适合含有多条主带的PCR产物的处理。

2.  按照下列体系配制反应液:
PCR product          5ul
10 X PCR buffer         0.3ul
25mM MgCl2                    0.18ul
SAP(2U/ul takara company)     0.13ul
ExonucleaseI(20U/ul NEB company)  0.25ul
ddH2O            2.14ul

3.  于37℃温箱中1hr,再于70℃水浴中20mins中止反应。

4.  将处理后的产物的浓度调至30ng/ul后直接测序。
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