“夏商周断代工程”的立项是“走出疑古”辉煌的顶点,但也是它引起大规模质疑和批评的开始。“工程”结项后,网络媒体上的争论更是高潮迭起。其中海外汉学界的异议最引人注目。斯坦福大学的倪德伟教授(David S. Nivison)即对“工程”的阶段性成果报告(简本)持否定态度,认为其“坚持唯一年代的做法在学术上是不忠实的”。蒋祖棣则强烈质疑“工程”所标榜的“高科技”基础和所谓“多学科”方法论,认为“‘工程’的所谓‘多学科研究’实际上主要是依赖非文字证据的研究,而在以解决具体年代为目的的西周年代学研究中,考古陶器分期、14C测年等手段显得力不能及。勉强为之,便会造成方法上的冒进”。他还批评了个别“工程”参加者的文献学基础,认为他们“无需读书便潇洒地‘走出’了‘疑古时代’”。与海外学者的直言批评不同,国内学者显得极为小心谨慎。张忠培从“考古学的局限性”出发所做的批评较早,但没有引起多少关注。陈淳对“工程”以“预设”甚至“确信夏的存在”为前提“并坚信不移地用考古资料来印证文献”的批评,也没有引起广泛重视。正面权威的批评始自徐苹芳2005年二三月间发表于《中国文物报》的《中国文明形成的考古学研究》。文章直言“工程”对“考古学的局限性”认识不足,犯有学科上的“幼稚病”及“常识性概念之不清和逻辑推理之混乱的错误”,“应当迅速予以澄清”。对“工程”的正面检讨尽管目前在国内尚有许多不便,但随着研究的进展,一些问题的是非终究会有明辨的一天。