几个生物学名词

几个生物学名词


STS（Sequenced tagged site：测序标签位点）： 在实验过程中，STS是可作为PCR引物对的单拷贝序列，用以在作图过程中在基因组上标定一个单独的位置。数据库中的这个部分也包含了不同的STS位点，这有利于将STS与数据库中其他部分的数据进行比较，找到未知序列与已知基因的联系。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ 可以获得更多的信息。
population studies（种群研究）： 在Sequin中，指同一种群内个体间相同基因的一个序列集，假设这些个体可以相互杂交。Sequin允许输入单独的生物名称，但为了程序正确运行，还必须为每个序列提供一些用以区分序列来源的信息，例如“strain”，“clone”或者“isolate”。
protein name（蛋白质名称）： 在序列记录中，表明蛋白质特征的域。
protein description（蛋白质描述）： 在序列记录中，当蛋白质名称未知时就必须使用蛋白质描述。
PAM matrix： PAM（percent accepted mutation：默认突变几率）和BLOSUM（blocks substitution matrix：大块替换矩阵）是定义２１０种可能的氨基酸替换分数的矩阵。这些分数是通过对数据库中的序列进行比对，计算其替换频率而经验性地获得的，它通常反应了一定的物理化学性质。例如，亮氨酸和异亮氨酸具有相似的亲水性和大小，它们之间的替换分数就比亮氨酸与谷氨酸之间的替换分数要高。
paralogs/paralogous（共生同源）： 两个物种A和B的同源基因，分别是共同祖先基因组中由复制事件而产生的不同拷贝的后代，这被称为共生同源基因。参见“homologous”和“orthologs”。
phylogenetic studies（系统发生研究）： 在Sequin中，指不同物种之间个体的一组相同的基因，假设这些个体不能相互杂交。Sequin不允许输入一个单独的生物名称，除非此生物已在Definition行中编码。实际上，它代表了设定正确的遗传编码的控制方式。
molecular clock（分子钟）： 一种假说，认为在进化过程中核苷酸或氨基酸序列以大致固定的速率发生替换。这样，给定标准时间和分子钟，序列的差异度就可以用来计算分子突变发生的时间。
mutation studies（突变分析）： 在Sequin中，对同一物种甚至同一个体的相同基因的序列集进行分析，以分离和确定几种突变体。
orthologs/orthologous（直向同源）： 共同祖先的直接后代（没有发生基因复制事件）之间的同源基因称为直向同源。参见“homologous”和“paralogs”。
indel（插入或删除的缩略语）： 在多重序列比对中，指那些未确定是由于插入还是删除而造成的序列长度变化的部分。
HTGS/HTG： High-throughput genome sequences：高通量基因组序列（HTG是DDBJ/EMBL/GenBank的HTGS部分）。世界上许多测序中心正在对人类及其它高等真核生物基因组进行大规模测序工作。一般认为将这些测序工作的中间结果放在数据库中一个单独的部分比较好，因为通常这些未完成的记录中存在许多空缺，准确性比较低，而且缺少注释，还达不到DDBJ/EMBL/GenBank记录所要求的标准。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/ 可以获得更多的信息。
heuristic algorithm（启发式算法）： 解决不可能和很难获得精确解的问题的一种经济实用的策略。启发式方法并不保证能得到最优的或“真正”的解。
homologous（同源的）： 在系统发生学中，同源指不同个体之间由共同的祖先继承而来的相同的特征。在分子生物学中，同源通常简单地指相似性，而不考虑遗传上的联系。
homoplasy（非同源相似，平行演化）： 由独立的进化过程而产生的相似性，并不代表共同的系统发生学起源。
GSS（Genome survey sequences：基因组综述序列）： DDBJ／EMBL／GenBank中的这个部分与EST很相似，不同之处只在于这些序列是来自于基因组，而不是cDNA（mRNA）。GSS部分包含（但不限于）下列类型的数据：随机的基因组序列片段，cosmid/BAC/YAC末端序列（这些可能但并不必须与染色体有关），外显子标记的基因组序列，Alu PCR序列。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/ 可以获得更多的信息。
EST（Espressed sequence tag：表达序列标签）： EST是从mRNA（cDNA）上生成的大量很短的序列（300-500bp）。它们代表了在特定组织或发育阶段表达的基因。它们代表在给定的cDNA文库中的表达标签（有些是编码的，有些不是）。这些记录通常很少有注释，只有文库和生物来源信息。很多数据库中都有这样的记录，包括DDBJ/EMBL/GenBank，dbEST，Unigene（见第二章和第四章）。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 可以获得更多的信息。