转录组学与微生物转录组学的概念

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　　近年来随着基因测序技术的发展与成熟，微生物的基因组测序工作大量开展。自从1995年流感嗜血杆菌的基因组序列测定完成之后，至今为止已有200种微生物完成了全基因组的测序工作，如幽门螺杆菌，结核分枝杆菌，脑膜炎双球菌等。目前，微生物基因组学的研究重心已从单纯地获得全基因组的遗传信息转移到在整体水平上研究其基因组的功能活动，即功能基因组学。微生物功能基因组学研究不仅要阐明基因组内每个基因的功能或作用，而且要研究基因表达的调控机制，全套蛋白质产物的结构、功能及相互作用机理等，从而揭示微生物生命活动的本质与规律。
　　作为功能基因组学的重要组成部分的转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之，转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。而转录组（transcriptome）是指一个细胞中的基因组所转录的全部RNA。与基因组的概念不同，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长周期，在不同的生长条件下，其基因表达情况是不完全相同的。
　　对于微生物来说，其基因表达及表达的程度受到了自身“生物钟”及外界环境作用的双重影响。因此，研究微生物的转录组的学科，即微生物转录组学，可以提供某微生物的哪些基因在何时何种条件下表达或不表达的信息，这些信息能用于推断相应未知基因的功能，或补充已知基因的功能，可以揭示特定调节基因的作用机制，从而有利于更深入地了解该生物体基因表达的调控机理。
　　而对于病原微生物来说，转录组学研究的重点之一是，研究其在与宿主体内或组织内的基因转录特点。如细菌在一般的人工培养时，其生长繁殖主要是受培养时的温度，氧气或二氧化碳浓度，培养基的PH，营养物质等的影响，但这个人工环境通常与其在宿主体内生存的环境是大大不同的。很显然，病原体在感染宿主及在其体内生存繁殖的整个过程是非常复杂的相互作用的过程，包括突破宿主的免疫防御屏障，到达适合自身生存繁殖的区域，或粘附，侵入寄主细胞，这一系列的过程都需要其精细的调整自身的基因表达，及时对各种有利或不利因素做出反应。可见，分析与比较病原微生物体内体外表达谱的差异，可筛选到某些与病原体在体内存活必需表达的基因，并可预测与致病性密切相关的毒力基因的功能及其调节机制。

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刚查了一下TIGR网站，现已有259种微生物的全基因组序列被公布。