电影是从锡安之上的真实世界开始的,人类城市正在遭受巨大的毁灭性打击,在天空中出现了一条黑线,黑色的线慢慢移近,然后出现另外一条,然后是第三条线,这三条线穿过电子章鱼,穿过人类成长的地方,穿过了那些正在拼命挖地的大型机器,最后停在一个很大的看起来像外星人呆的城市。
但这只是一个梦,尼奥在母体中醒来,发现自己在一张地铁的躺椅上。火车通过的隆隆声唤醒了他。他看到火车进站,一个看起来很脏很龌龊的流浪汉模样的人打开车门让尼奥上车。火车离开车站后,流浪汉告诉尼奥,他在这里很安全。
流浪汉说,曾囚禁钥匙匠的公爵是很早以前的一个程序,他被设计出来学习人类的罪恶感(sin and guilt),即机器认为第一代母体彻底失败的原因。当时,设计师给了人类完美的世界,但在这个世界里,人类用他们天生的寻求自由的精神来抵制和破坏这个完美的世界。为了解决完美世界和自由意愿之间的不协调性,公爵认为应消灭一切寻求自由的行为。设计师对公爵的结论感到不满意,因此他设计了另外一个程序(就是先知)来找出一个不需要消除人类自由意愿的解决方案。这个程序在研究了人类的历史后发现,自由意愿一直都是人类的一种假像,人类从来没有真正自由过。自由意愿可以被一些更小的圈子来限制,这些小圈子包括希望,信仰,罪恶感。举例而言,像政府、教堂、社团、家庭这样的社会结构就能在不破坏自由意愿本身含义的情况下控制自由意愿。基于这一研究结果,设计师决定设计一个文明社会,用罪恶感来控制个人的自由意愿。可以说,公爵就像伊甸园里的蛇,让人认知这个世界,并摧毁上帝(设计师)创造的世界。这种对自由意愿的理解将最终毁灭母体,所以必须用信仰来拯救它。得出这一结论后,设计师认为公爵已经完成任务,没有必要继续存在下去,但公爵拒绝回到源程序删除自己,他说争论还没有结束,他会证明自己是对的,所以他选择躲入母体。而先知不得不在系统中保持人类的信仰,并提出了救世主这个想法。