生物信息学常用数据库

jameshung

生物信息学常用数据库

主要序列数据库

名称
地址
说明

DDBJ序列数据库
http://www.ddbj.nig.ac.jp
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

EMBL序列数据库
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

GenBank序列数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

STACK
http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html
非冗余的基因簇

TIGR基因索引
http://www.tigr.org/tdb/index.shtml
非冗余的基因簇

UniGene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
非冗余的基因簇


比较基因组学


名称
地址
说明

COG数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
基于43个已完成基因组测序的微生物的蛋白质的进化分析的同源基因蔟

XREFdb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
模式生物遗传学和哺乳类表型之间的交叉索引

ASDB
http://Cbcg.nersc.gov/asdb
具有不同剪接形式基因的蛋白质产物和表达模式



基因表达

名称
地址
说明

Axeldb
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm
爪蟾的基因表达

BodyMap
http://Bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp
人和小鼠基因表达数据

EpoDB
http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/
脊椎动物红细胞基因表达

FlyView
http://Pbio07.uni-muenster.de
果蝇的发育和遗传

GXD基因表达数据库
http://www.informatics.jax.org/mgihome/GXD/aboutGXD.shtml
小鼠的基因表达和遗传

肾脏发育数据库(KDD)
http://golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html
肾脏发育和基因表达

MAGEST
http://www.genome.ad.jp/magest/welcome.html
海鞘基因表达模式

MethDB
http://www.methdb.de
DNA甲基化数据、模式和轮廓

小鼠基因表达数据库(MAGED)
http://Genex.hgu.mrc.ac.uk
与组织相关的基因表达数据

PEDB
http://www.pedb.org/
正常和异常的前列腺基因表达

RECODE
http://Recode.genetics.utah.edu
表达过程中采用程序化翻译编码的基因

斯坦福微阵列数据库(SMD)
http://Genome-www.Stanford.edu/microarray
来自微阵列实验的原始和均一化了的数据

TRIPLES
http://Ygac.med.yale.edu/triples/triples.htm
酵母中转座子—插入表型、定位和表达

牙齿发育数据库(TDD)
http://Bite-it.Helsinki.fi
牙组织发育中的基因表达


基因特征和结构


名称
地 址
说 明

AllGenes
http://www.allgenes.org
人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释

Ares Lab Intron Site
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.html
酵母剪接体和内含子

COMPEL
http://compel.bionet.nsc.ru/
复合调控元件（Composite regulatory elements）

CUTG
http://www.kazusa.or.jp/codon/
遗传密码使用表

DBTBS
http://dbtbs.hgc.jp/
枯草杆菌反式作用因子和启动子

EID
http://mcb.harvard.edu/gilbert/EID/
内含子、外显子数据库

EPD
http://www.epd.isb-sib.ch/
通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库

ExInt
http://intron.bic.nus.edu.sg/exint/exint.html
真核生物外显子和内含子结构

HUNT
http://www.hri.co.jp/HUNT
注释了的人类全长cDNA序列

IDB/IEdb
http://nutmeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
内含子序列和进化

PLACE
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE
植物顺式调控元件



遗传学和物理图谱


名称
地址
说明

DRESH
http://www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html

果蝇突变基因同源的人cDNA克隆

G3-RH
http://www-shgc.stanford.edu/RH/
斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱

GB4-RH
http://www.Sanger.ac.uk/Software/RHserver/RHserver.shtml
人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4)

GDB
http://www.gdb.org/
人类基因和基因组图谱

GenAtlas
http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/
人类基因、标记和表型

GenMapdb
http://genomics.med.upenn.edu/genmapdb
已经定位的人BAC克隆

GenMap’99
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap/
国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱

HugeMap
http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap
人类基因组遗传和物理图谱数据

IXDB
http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/
人类x染色体物理图谱

RHdb
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
辐射杂交图谱数据


基因组数据库


名称
地址
说明

AceDB
http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb/
线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息

AmmtDB
http://bighost.area.ba.cnr.it/mitochondriome/
寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列

ArkDB
http://www.thearkdb.org/sites.html
农业相关和其他动物的基因组数据库

综合的微生物资源(CMR)
http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl
已完成测序的微生物基因组

CropNet
http://ukcrop.net/
农作物基因组图谱

CyanoBase
http://www.kazusa.or.jp/cyano/

Synechocystis sp.基因组

EMGlib
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母

EcoGene
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
大肠杆菌(E.coli)K-12的序列

FlyBase
http://www.fruitfly.org/
果蝇基因序列和基因组信息

Full-Malaria
http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/
红细胞期恶性疟原虫的全长cDNA文库

GOBASE
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html
细胞器基因组数据库

GOLD
http://igweb.integratedgenomics.com/GOLD/
已完成和正在进行测序项目的信息

HIV序列数据库
http://hiv-web.lanl.gov/


HIV的RNA序列

Human BAC Ends Database
http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html
非冗余的人类BAC末端序列

ICB
http://www.mbio.co.jp/icb
采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定

INE
http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
水稻的遗传学、物理图谱和序列数据

MITOMAP
http://www.mitomap.org/
人类线粒体基因组

MITOP
http://mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/
线粒体蛋白、基因和疾病

苜蓿属基因组数据库(MGI)
http://www.noble.org/medicago/


模式苜蓿属荚果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表达和蛋白质组数据

Mendel数据库
http://www.mendelbio.com/
利用基因家族信息注释的植物EST和STS序列数据库

MitoDat
http://www-lecb.ncifcrf.gov/mitoDat/
线粒体蛋白(以人类为主)

小鼠基因组数据库(MGD)
http://www.informatics.jax.org/


小鼠遗传学和基因组

慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)
http://www.mips.biochem.mpg.de/


蛋白质和基因组序列

NRSub
http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html


枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组

PlasmoDB
http://plasmodb.org/


疟原虫属(Plasmodium)基因组

酵母基因组数据库(SGD)
http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces


酿酒酵母基因组

TIGR微生物数据库
http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html


微生物基因组和染色体

拟南芥信息资源(TAIR)
http://www.arabidopsis.org/


拟南芥基因组

ZFIN
http://www.zfm.org/


斑马鱼遗传学、基因组和发育数据

ZmDB
http://zmdb.iastate.edu/


玉米基因组数据库






分子间相互作用



名称
地址
说明

生物分子交互作用网络数据库(BIND)
http://binddb.org/


分子间相互作用、复合物和通路

DIP
http://dip.doe-mbi.ucla.edu/


蛋白质之间相互作用目录

DPInteract
http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/


大肠杆菌DNA结合蛋白的结合位点

核糖体交叉链接数据库(DRC)
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/



名称
地址
说明

ENZYME
http://www.expasy.ch/enzyme/


酶命名

EcoCyc
http://biocyc.org/ecocyc/


大肠杆菌(K-12)基因组、基因产物和代谢通路

EpoDB
http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/


人红细胞生成过程中的基因表达

京都基因和基因组百科全书(KEGG)
http://www.genome.ad.jp/kegg/


代谢和调节通路

LIGAND
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html


酶的配体、底物和反应

RegulonDB
http://kinich.cifn.unam.mx:8850/db/regulondb_intro.frameset


大肠杆菌转录调节和操纵子结构

UM-BBD
http://www.labmed.umn.edu/umbbd/


微生物生物催化反应和生物降解通路

WIT2
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/


功能治疗和代谢模型发育的集成系统






突变数据库



名称
地址
说明

ALFRED
http://alfred.med.yale.edu/alfred/index.asp


等位基因频率和DNA多态性

雄激素受体基因的突变(ARGMD)

哮喘基因数据库(AGD)
http://www.mcgill.ca/androgendb/


雄激素受体基因的突变

哮喘和变态反应数据库
http://cooke.gsf.de/asthmagen/main.cfm


哮喘和变态反应中的连锁和突变研究

肿瘤学和血液学中的遗传学和细胞传学信息库
http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/


癌症中染色体异常

BTKbase
http://www.uta.fi/laitokset/imt/bioinfo/BTKbase/


X-连锁血丙种球蛋白缺乏中的突变

CASRDB
http://www.casrdb.mcgill.ca/


引起FHH，NSHPT和ADH的CASR突变

GRAP突变数据库
http://tinygrap.uit.no/GRAP/


G蛋白偶联受体的突变(GRAP)

HGBASE
http://hgbase.interactiva.de/


基因内部序列多态性

HIV-RT
http://hivdb.stanford.edu/hiv/


HIV反转录酶和蛋白酶序列变异

嗜血菌B突变数据库
http://www.kcl.ac.uk/ip/petergreen/haemBdatabase.html


Factor IX基因中的点突变、短插入和短缺失

人类基因突变数据库 (HGMD)
http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html


已知发表的人类遗传性疾病的基因损伤

人类PAX2等位基因变异数据库
http://pax2.hgu.mrc.ac.uk/


人类PAX2基因突变

人类PAX6等位基因变异数据库
http://pax6.hgu.mrc.ac.uk/


人类PAX6基因突变

人类I型和III型胶原基因突变数据库
http://www.le.ac.uk/genetics/collagen/


人类I型和Ⅲ型胶原基因突变

HvrBase
http://www.hvrbase.org/


灵长类线粒体DNA控制区域序列

KMDB
http://www.knowledge.standards.com.au/KMDB/


人类眼睛疾病基因的突变

KinMutBase
http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/


致病的蛋白激酶突变

Mutation Spectra Database
http://info.med.yale.edu/mutbase/


病毒、细菌、酵母和哺乳类基因的突变

NCL Mutations
http://www.ucl.ac.uk/ncl/


神经元蜡样质脂褐质沉积症基因突变和多态性

在线式人类孟德尔遗传数据库(OMIM)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/


人类遗传学和基因组紊乱目录

PAHdb
http://www.pahdb.mcgill.ca/


苯丙氨酸羟化酶基因突变

PHEXdb
http://data.mch.mcgill.ca/phexdb


导致X-连锁低磷酸血症的PHEX基因突变

PMD
http://www.phexdb.mcgill.ca


蛋白质突变数据集

PTCH1突变数据库
http://www.cybergene.se/PTCH/ptchbase.html


PTCHl中的突变和SNP

RB1基因突变数据库
http://www.d-lohmann.de/Rb/


人类视网膜母细胞瘤基因(RB1)的突变

dbSNP
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/


单核苷酸多态性

iARC p53数据库
http://www.iarc.fr/p53/


文献报告的人类p53基因错义突变和小片段缺失

p53数据库
http://metalab.unc.edu/dnam/mainpage.html


人类p53和hprt基因突变、啮齿类转基因lacI和lacZ突变






病理学



名称
地址
说明

小鼠肿瘤生物学数据库(MT
http://tumor.informatics.jax.org/


小鼠肿瘤名称、分类、发病串、病理学、遗传因素

口腔癌基因数据库(OCGD)
http://www.tumor-gene.org/Oral/oral.html


口腔癌相关基因的细胞、分子和生物学数据

PEDB
http://chroma_mbt.washington.edu/PEDB/


前列腺组织和细胞类型特异的cDNA文库的序列

肿瘤基因家族数据库(TGDBs)
http://www.tumor-gene.org/tgdf.html


多种癌症相关基因的细胞、分子和生物学数据






蛋白质数据库



名称
地址
说明

AARSDB
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html


氨酰tRNA合成酶序列

DatA
http://luggagefast.stanford.edu/group/arabprotein/


拟南芥中注释了的编码序列

ESTHER
http://www.ensam.inra.fr/cholinesterase/


酯酶和α/β水解酶及相关分子

内源性GPCR列表
http://www.biomedcomp.com/GPCR.html


细胞系中表达的G蛋白偶联受体

GPCRDB
http://www.gpcr.org/7tm/


G蛋白偶联受体

HIV分子免疫学数据库
http://hiv-web.lanl.gov/immunology/


HIV的抗原决定簇

HUGE
http://www.kazusa.or.jp/huge/


较大的(50kDa)人类蛋白质和cDNA序列

组蛋白数据库
http://genome.nhgri.nih.gov/histones/


组蛋白、组蛋白折叠序列和结构

IMGT
http://imgt.cines.fr:8104/


人类和其他脊椎动物的免疫球蛋白、T细胞受体和MHC序列

IMGT/HLA
http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/


人类主要组织相容性复合体

InBase
http://www.neb.com/neb/inteins.html


插入蛋白质序列和基序(motif)

LGICdb
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html


配体门控离子通道亚基序列

MHCPEP
http://wehih.wehi.edu.au/mhcpep/


MHC结合肽

MetaFam
http://metafam.ahc.umn.edu/


集成的蛋白质家族信息

核受体资源
http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html


核受体超家族

PKR
http://pkr.sdsc.edu/


蛋白激酶序列、酶学、遗传学、分子和结构特性

PPMdb
http://sphinx.rug.ac.be:8080/ppmdb/index.html


拟南芥质膜蛋白序列和表达数据

Peptaibol
http://www.cryst.bbk.ac.uk/peptaibol/welcome.html


抗生素肽序列

PhosphoBase
http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/


蛋白质磷酸化位点

PlantsP
http://plantsp.sdsc.edu/


植物蛋白激酶和蛋白磷酸化

Prolysis
http://delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis/


蛋白酶、天然和合成的蛋白酶抑制剂

蛋白质信息资源(PIR)
http://pir.georgetown.edu/


综合的、注释的、非冗余的蛋白质序列数据库

核糖核酸酶P数据库
http://www.mbio.ncsu.edu/RNaseP/home.html


RNaseP序列、对齐和结构

SWISS-PROT/TrEMBL
http://www.expasy.ch/sprot


蛋白质序列

TIGRFAMs
http://www.tigr.org/TIGRFAMs


功能明确蛋白质家族的资源

TRANSFAC
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/index.html


转录因子和结合位点

OoTFD
http://www.ifti.org/


转录因子和基因表达

TrEST、trGEN和Hits
http://hits.isb-sib.ch/


预测的蛋白质序列






蛋白质序列Motif



名称
地址
说明

BLOCKS
http://blocks.fhcrc.org/
蛋白质家族的序列保守区域

CluSTr
http://www.ebi.ac.uk/clustr/
将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类

InterPro
http://www.ebi.ac.uk/interpro/


蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源

PIR-ALN
http://www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/piraln.html


蛋白质序列联配

PRINTS
http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/


分层的基因家族指纹

PROSITE
http://www.expasy.ch/prosite/


具有生物学意义的蛋白模式和轮廓

ProtoMap
http://protomap.cornell.edu/


对SWISS-PROT蛋白质进行自动分类

SBASE
http://hydra.icgeb.trieste.it/~kristian/SBASE/


注释了的蛋白质结构域序列

SMART
http://smart.embl-heidelberg.de/


结构域序列

SYSTERS
http://systers.molgen.mpg.de/


基于多种资源对蛋白质序列进行分类

Emotif
http://motif.stanford.edu/emotif


蛋白质序列模体查询

Iproclass
http://pir.georgetown.edu/iproclass/


注释了的蛋白质分类数据库






蛋白质组资源



名称
地址
说明

Aaindex
http://www.genome.ad.jp/dbget/


肽的物理化学属性

Proteome Analysis Database
http://www.ebi.ac.uk/proteome/


应用interpro和clustr在线式进行全基因组中蛋白质的功能分类

SWISS-2DPAGE
http://www.expasy.ch/ch2d/


注释了的2D-PAGE数据库

酿酒酵母蛋白质数据库(YPD)
http://www.proteome.com/databases/index.html


酿酒酵母蛋白质组数据库






RNA序列



名称
地址
说明

ARED


http://rc.kfshrc.edu.sa/


富含AU元件的mRNAs

Collection of mRNA-like Noncoding RNAs
http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/


非编码蛋白的RNA转录

欧洲人小亚基核糖体RNA数据库
http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html


利用二级结构信息对核糖体RNA小亚基序列进行联配

HyPaLib
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/HyPa/


RNA分类的结构元件特征

Intronerator
http://www.cse.ucsc.edu/~kent/intronerator/


C．elegans的RNA剪接和基因结构；C．briggsae和C．elegans基因组联配

RNA中非标准作用
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/


已知RNA结构中非标准的碱基－碱基相互作用

RISSC
http://ulises.umh.es/RISSC


核糖体16S-23S RNA基因间隔区域

RNA修饰数据库
http://medlib.med.utah.edu/RNAmods/


RNA中天然修饰的核苷

核糖体数据库项目(RDP)
http://rdp.cme.msu.edu/


rRNA序列，联配和系统发生

SRPDB
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html


信号识别颗粒RNA、蛋白质和受体信息

小RNA数据库
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA


原核生物和真核生物小RNA序列的直接测序数据

TmRNA网站
http://www.indiana.edu/~tmrna


TmRNA序列、折叠和联配

tRNA序列
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/


tRNA和tRNA的基因序列

tmRDB
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html


tmRNA(10SaRNA)序列







结构



名称
地址
说明

ASTRAL
http://astral.stanford.edu/


已知结构、选择亚群和序列——相关的结构域序列

BioMagResBank
http://www.bmrb.wisc.edu/


蛋白质、肽和核酸的核磁共振数据

CE
http://cl.sdsc.edu/ce.html


计算和观察3维结构对齐

CKAAPsDB
http://ckaaps.sdsc.edu/perl/browser.pl


序列不同而结构相似的蛋白质

CSD
http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd/csd.html


有机物和金属有机物复合体的晶体结构信息

大分子运动数据库
http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/


蛋白质和大分子运动的描述

HIC-Up
http://alpha2.bmc.uu.se/hicup/


小分子(异源复合物)的结构

HSSP
http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/


结构家族和对齐，结构保守区域和结构域骨架

IMB Jena生物大分子图象库
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html


生物多聚物结构的三维观察和分析

ISSD
http://www.protein.bio.msu.su/issd/


集成的序列和结构信息

LPFC
http://www-smi.stanford.edu/projects/helix/LPFC/


蛋白质家族和新结构数据库

MMDB
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/


所有经实验确定了的三维结构

NTDB
http://ntdb.chem.cuhk.edu.hk/


核酸的热力学数据

PDB


http://www.rcsb.org/pdb/
通过X射线晶体衍射和NMR测定的结构数据

PDBsum
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum


PDB结构的总结和分析

ProTherm
http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/protherm/protherm.html


野生型和突变蛋白质的热力学数据

RESID
http://www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/resid.html


蛋白质结构修饰

Sloop
http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~sloop/


蛋白质loop区域分类






转基因



名称
地址
说明

Cre转基因数据库
http://www.mshri.on.ca/nagy/cre.htm


转基因小鼠系

转基因动物和打靶突变数据库
http://tbase.jax.org/


转基因动物和打靶突变的信息






其他生物医学资源



名称
地址
说明

Dbcat
http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/


数据库分类

LocusLink/RefSeq
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/


遗传基因座的序列和描述信息

MPDB
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html


被证明有用的合成的寡核苷酸如引物或探针的信息

分子探针数据库
http://srs.ebi.ac.uk/


合成的寡核苷酸、探针和PCR引物的信息

NCBI分类浏览器
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html

至少含有一条核苷酸或蛋白质序列的遗传数据库中所涉及到的物种名称列表

PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

MEDLINE和Pre-MEDLINE文献引用数据库