《那些年》早就有盗版影碟,影院上映的《那些年》明显比碟版要短些。据了解,《那些年》的台湾版时长110分钟,内地上映版本约107分钟,少了3分钟,但这并不表示只删掉了3分钟,片中还新加入了1分多钟的素材,香港和台湾版本都没有。影院版《那些年》把一些“重口味”的少儿不宜的部分以及有关两岸政治的部分都去掉了。比如升旗仪式、一场男主人公柯震东和同学“勃起”在教室打飞机,在大学宿舍里看xxx,柯震东在家里光屁股,还有结尾部分柯震东冲上去吻新郎的正面戏,也都删掉。不过,柯震东有一场在宿舍的裸露戏还“依稀”保留着。此外,片中台词有所改动,“大陆偷渡客”改成“越南偷渡客”,“I FUCK YOU”变成“I LOVE YOU”,未看过碟版的人,看到这段,可能感觉会“怪怪的”。