JAK 激酶是酪氨酸激酶,其主要底物是称为STAT 的转录因子。有超过7 种STAT,每个都由特殊系列的JAK激酶磷酸化。磷酸化在JAK 与受体在质膜上结合时发生。一对JAK激酶与活化的受体作用,两者对保证途径的正常功能都很重要。例如,应答干扰素(Interferon)IFNγ的刺激同时需要JAK1和JAK2。
STAT 磷酸化导致同二聚体(Homodimer)和异二聚体(Heterodimer)的形成。二聚化的基础是一个亚基中SH2结构域与另一亚基中磷酸化酪氨酸相互作用。STAT二聚体进入核内,在有些情况下与其它蛋白质共同作用。它们结合到靶基因特异性识别元素上,从而激活靶基因转录。