DNA序列和结构数据库

yujian623

DNA序列和结构数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http://www.biosino.org/ 􀁺
CUTG,密码子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html 􀁺

EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/ 􀁺

TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC 􀁺

TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。 http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
http://www.ifti.org/
RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html 􀁺

MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
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ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/) 􀁺

Simple Repeats,简单重复序列库。
http://ncbi.nlm.nih.gov
COMPEL,复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

MPDB,分子探针数据库。 http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
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HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。 http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库. http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物. http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列. http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database). http://www.cme.msu.edu/OPD/
dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白 质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。 http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
DNA结构参数库. ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)


NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
SELEX_DB,随机化序列库. http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
ASDB,交替剪接基因的数据库. http://hattrick.lbl.gov:8888/
Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。 http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。 http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
EID,外显子、内含子数据库。 http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
ExInt,外显子、内含子数据库。 http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
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NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
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VectorDB,载体数据库。 http://vectordb.atcg.com/
Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。 ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)