生物信息学揭示新的“基因调节系统”

懒扎衣

通过比较140个已经完成测序的细菌基因组，研究人员发现了一个调节对细菌复制至关重要的基因的系统。这些发现将公布在7月的Trend in Genetics上，而且Gelfand在2005年6月24日的HHMI国际研究学者年会上公布研究成果。

    霍华德休斯医学院在莫斯科的国际访问学者Mikhail Gelfand和他的博士后Dmitry Rodionov利用比较基因组学方法在细菌中确定出了一种新的转录因子系统，这个系统能抑制与DNA复制有关的基因的表达。

    他们浏览了细菌的几个类群的基因序列和蛋白质组，不但确定出了一个高保守性的信号序列，而且发现了与之相连的调节性转录因子、这种信号的抑制本质和其他受这个系统调节的基因。

    通过单独使用生物信息学方法，研究人员对这个系统给出的非常详细的描述。Gelfand和Rodionov利用一种叫做phylogenetic footprinting的技术来看一组编码核苷酸还原酶（ribonucleotide reductase）的基因的DNA序列上游。这些酶将RNA的核苷酸转变成用于构建DNA的脱氧核苷酸。这种转变对在分裂前复制细菌的整个基因组非常重要。

    研究人员发现了一个出现在许多核苷酸还原酶(Nrd)基因上游的保守性回文序列。由于这些信号在多种细菌中发现，因此研究人员推测它可能代表了一种通用的调节性机制。研究组观察到这些信号往往与启动子信号重叠。而且促进转录的分子能识别并与这个序列结合。

    接着，研究人员确定出了与NrdR-box结合的转录因子蛋白。他们搜索了63种细菌的蛋白质组，并寻找与NrdR-box的“存在－缺失”模式严格一致的蛋白质。他们发现只有一个蛋白质束能符合这种模式，并且它代表了一个具有转录因子特征的蛋白质家族（记者杨淑娟）。



    一项最新研究发现，体内存在一种“基因调节系统”能够和调节细菌复制。这一发现公布在2005年6月24日的HHMI国际研究学者年会上，并将公布在7月的《遗传学发展》杂志上。

    霍华德休斯医学院在莫斯科的国际访问学者 Mikhail Gelfand教授和他的博士后Dmitry Rodionov博士利用比较基因组学方法在细菌中确定出了一种新的转录因子系统，这个系统能抑制与DNA复制有关的基因的表达。

    通过比较140个已经完成测序的细菌基因组，研究人员发现了一个系统调节对细菌复制至关重要的基因的。他们浏览了细菌的几个类群的基因序列和蛋白质组，不但确定出了一个高保守性的信号序列，而且发现了与之相连的调节性转录因子、这种信号和抑制本质和其他受这个系统调节的基因。

    通过单独使用生物信息学方法，研究人员利用一种叫做phylogenetic footprinting的技术来看一组编码核苷酸还原酶 (ribonucleotide reductase)的基因的DNA序列上游。这些酶将RNA的核苷酸转变成用于构建DNA的脱氧核苷酸。这种转变对在分裂前复制细菌的整个基因组非常重要。研究人员发现了一个出现在许多核苷酸还原酶(Nrd)基因上游的保守性回文序列。由于这些信号在多种细菌中发现，因此研究人员推测它可能代表了一种通用的调节性机制。研究组观察到这些信号往往与启动子信号重叠。而且促进转录的分子能识别并与这个序列结合。

    接着，研究人员确定出了与NrdR-box结合的转录因子蛋白。他们搜索了63种细菌的蛋白质组，并寻找与NrdR-box的“存在-缺失”模式严格一致的蛋白质。他们发现只有一个蛋白质束能符合这种模式，并且它代表了一个具有转录因子特征的蛋白质家族。