② 另一个优点是梯度凝胶可以分辨分子量相差较小,在单一浓度凝胶中不能分辨的蛋白质。电泳过程中,蛋白质在梯度凝胶中迁移,经过的孔径越来越小,直到凝胶的孔径不能通透,这样电泳过程中蛋白质就被浓缩,集中在一个很窄的区带中。而分子量略小的蛋白质可以迁移得更靠前一些,被集中在略前面的区带中。由于梯度凝胶孔径逐步变小,在蛋白质不能通透的孔径附近对蛋白有浓缩作用,所以电泳后形成很窄的区带,可以分辨出分子量相差较小的蛋白质。对于太稀的样品,在电泳过程中可以将样品分几次加样,大小不同的蛋白质分子最终都会滞留在其相应的凝胶孔径中而得到分离。
③ 可以直接测定天然状态蛋白质的分子量而不需要解离为亚基,因此这一方法可以与SDS-PAGE测定分子量的方法互为补充。梯度凝胶电泳主要适用于测定球蛋白的分子量,而对纤维蛋白将产生较大的误差。