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[【学科前沿】] 统计方法与程序在分子进化研究中的应用

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发表于 2006-4-11 13:00:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
分子进化高级讲习班


分子生物学方法和计算机技术的发展与普及极大地拓展了当代生命科学研究的广度与深度。各种实验数据量和基因组信息量的快速增长给科学工作者们带来了新的机遇与挑战, 如何有效地分析、解释这些数据并据此建立或检验生物学假说, 是摆在我们面前的一项艰巨任务。分子进化分析就是一种具有广泛应用前景的方法论工具, 近年来已在系统与进化生物学、基因组分析以及生物信息学等研究中发挥了极为重要的作用, 也成为相关领域研究生学术训练和科学实践中不可或缺的内容。

本次讲习班邀请了一批国内外知名的分子进化分析专家,针对目前该领域研究中的疑难科学问题, 介绍统计方法、程序及其应用。邀请专家均为分子进化相关刊物编委和审稿人, 所讨论的统计学问题对提高论文质量具有较强的针对性和权威性。


1、时间:2006年4月19日-22日 上午:8:30 - 12:15, 下午:1:30 -5:15

(18日报到和招待会)

2、地点:复旦大学生命科学学院 (上海市邯郸路220号)

3、对象:对分子进化研究感兴趣的高校师生、研究人员

4、重要内容: ① 用统计方法 (以ML为主) 解决分子系统发育分析中的疑难问题.

② 进化分歧时间估计的新方法

                ③ 应用问题讨论和软件演示

          (具体报告题目见附件)

5、报告人:

日本: Masami Hasegawa (长谷川政美), Hirohisa Kishino (岸野洋久), Norihiro Okada (冈田典弘), Jun Adachi (足立淳), Hidetoshi Shimodaira (下平英寿), Ying Cao (曹缨)

英国: Ziheng Yang (杨子恒)

中国: 金力, 施苏华, 罗泽伟, 钟扬, 杨继等

(报告人介绍见附件)

6、收费:1600元(包括听课费、讲义及软件光盘等), 学生(研究生) 1000元

讲习班提供午餐,帮助联系食宿(220元/标准间,含早餐), 费用学员自理。

7、报名方式:请于4月12日前与王莉联系:Email:wangli@fudan.edu.cn;Tel: 021-65642957。




主要报告人简介



l      Professor Masami Hasegawa (长谷川政美),国际知名的分子进化生物学家,日本东京大学物理学博士, 1986年起任日本文部省统计数理研究所教授。与Kishino等合作建立了HKY模型,开发了Molphy软件,是将最大似然法 (ML) 应用于系统发育分析的先驱者之一。任Molecular Phylogenetic and Evolution等杂志编委。


l      Professor Norihiro Okada (冈田典弘),日本东京工业大学生物学教授,是将SINE分析应用于分子进化研究的知名专家,近年来在Cell和PNAS发表多篇论文。任Journal of Molecular Evolution,Genes and Genetic Systems等杂志编委。


l      Professor Hirohisa Kishino (岸野洋久),日本东京大学数学博士, 东京大学生物统计学教授。与Hasegawa等合作建立了HKY模型, 近年来致力于进化时间估计的方法学研究。任BMC Evolutionary Biology, Systematic Biology等杂志编委。


l      Professor Ziheng Yang (杨子恒),国际知名的分子进化生物学家,伦敦大学教授。PAML软件的开发者。任Genetics和Molecular Biology and Evolution等杂志编委。


l      Dr. Hidetoshi Shimodaira (下平英寿),日本东京大学数学博士,现任东京工业大学统计计算副教授,与Hasegawa合作建立了Shimodaira-Hasegawa 检验方法。


l      Dr. Jun Adchi (足立淳),日本国立综合研究大学院大学统计学博士, 现任统计数理研究所副教授。与Hasegawa等合作开发了Molphy软件。


l      Dr. Ying Cao (曹缨),日本东京工业大学生物学博士,现任统计数理研究所助理教授, 从事动物分子进化研究, 曾任Systematic Biology等杂志编委。


l      Professor Suhua Shi (施苏华),中山大学生物学博士,中山大学生命科学学院教授。近年来从事系统与进化植物学研究, 主持完成国家自然科学基金重点项目。任《科学通报》、《植物学报》、《植物分类学报》编委。


l      Professor Li Jin (金力),美国德克萨斯大学博士。现任复旦大学生命科学学院教授、院长,中国科学院-马普学会计算生物学研究所所长。人类遗传学和进化生物学家。在Science和Nature等杂志发表多篇论文。任Human Genomics主编。


l      Professor Zewei Luo (罗泽伟),英国伯明翰大学博士。现任复旦大学生命科学学院教授。统计遗传学家。在PNAS和Genetics等杂志发表多篇论文。


l      Professor Yang Zhong (钟扬),日本国立综合大学院大学系统生物科学博士。现任复旦大学生命科学学院教授、常务副院长,植物分子进化研究专家。任《科学通报》和《植物分类学报》等刊物编委。




分子进化高级讲习班讲课内容

Methodologies, Applications and Programs for Molecular Evolutionary Studies

l      Masami Hasegawa: An overview of the ML method for molecular phylogenetics

l      Jun Adachi: Software for ML analyses

l      Hirohisa Kishino: Bayesian method for time estimation

l      Norihiro Okada: SINE method for phylogenetic analyses

l      Hidetoshi Shimodaira: Testing phylogenetic trees (Bootstrap methods)

l      Ying Cao: Molecular phylogeny and evolution of mammals

l      Ziheng Yang: Statistical models in molecular evolution

l      Li Jin: Linkage disequlibrium and its portability across populations

l      Suhua Shi: Evolutionary studies of plants

l      Zewei Luo: Gene duplication and divergence time

l      Ji Yang: Detection of adaptive evolution

l      Yang Zhong: Phylogenomics of SARS-CoV

l      Zuofeng Li/Yuan Zhang/Li Wang/Jie Zhou: Software tutorial (PAUP, PAML etc.)
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