虚拟民事疑难案例之二:关于员工加班费的问题

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甲2003年12月进入某A事业单位工作，因事业单位编制限制，甲与该事业单位下属B企业签订劳动合同，但甲主要在A事业单位工作，较少涉及到B企业的工作。2005年2月甲被聘任为A事业单位人事部主任，此时甲的合同到期，甲与B企业又续签2年劳动合同，合同约定从事人事部主任岗位，工资标准约定为1781元，包括职务工资、津贴、福利贴、职务贴、浮动工资、保健、其他补贴、房帖等。双方约定的其他工资支付内容为：酬金80分，按酬金办法执行，工资晋升根据上级单位晋升执行，待遇同A事业单位职工。2005年12月甲以B企业未按规定支付加班费为由，向劳动仲裁委员会提请劳动仲裁，要求与B企业解除劳动关系，并支付加班费并提供了A事业单位的考勤薄为证。实际上A事业单位对其发放加班费按照地方政府有关事业单位加班费的支付办法支付，工资基数只计算前两项（职务工资、津贴），并未计算其他项目，并且已经将加班费支付给了甲，而甲认为应该按照不低于合同约定的工资支付加班工资。

对此B企业进行辩解称，B企业只有很少的员工，没有多少工作，根本没有批准甲进行加班。甲提供的考勤簿是A事业单位的，其在A事业单位兼任人事部主任，对此A事业单位对其发放了酬金（80分），其加班申请表也是A事业单位的，说明其加班是在A事业单位，其在A事业单位加班费发放多少与我们无关。甲的工资从B企业帐户发放，酬金和加班费从A事业单位帐户发放。
如果你作为B企业应该如何答辩？大家认为此案会怎么裁？