现行的自然科学体系的指导思想不是完美的
文字文字文字本人不是学哲学的，但，是研究生命科学的众人之一。所以我将以生命科学中的一些现象来探讨我们现在占主导地位的所谓的“科学”。
首先先来了解现在的科学的根源在哪里？回答在西方！什莫时间？回答14-16世纪的欧洲！在这段时间内发生了影响整个世界的事实，就是欧洲的文艺复兴运动，文艺复兴第一次正式的向几个世纪来占主导的宗教的思想发起了挑战，并真正得到了胜利，它的意义不用多说，其中很重要的一点它摧毁了僵化死板的经院哲学体系，提倡科学方法和科学实验，这就为17、18及19世纪的自然科学的大发展打下了基础。所得到的结果是，以哥白尼，布鲁诺，伽利略，开普勒等一系列我们现在尊为科学之父的人们所创立的一整套科学的思想，什莫思想？实证的，逻辑的，维物的。
稍微展开一点，什莫叫“唯物的”？即世界是由物质组成的，物质是绝对的：“实证呢”，即强调任何事物，任何现象都是可以由明确可见的公式，定理推导的，不论有多莫复杂，但总是可以的：“逻辑的”强调事物之间都存在对应关系，有因必有果，有果必有因。在这些指导思想下，自然科学得到了前所未有的大发展，得到的结果也不容多说，都是有目共睹的。
现在来看另外一个被现行的科学评判了多年的思想体系——东方哲学体系。主要以印度的佛教思想与中国的道教思想为代表，这一支被认为是宗教的，不科学的，我们从小就接受这样的教育，灌输上面传自西方的科学思想，反对宗教。所以现在有哪个大学生说是有宗教信仰的话会被认为是不正常的，会受到鄙视，原应是我们一直受着反对它们的这个科学的教育。所以流行了几千年的东方哲学体系就这样被放在宗教里得到了大的排挤，从而使只有很少的被认为是脑子有毛病的人还在研究它。但是一个不可争辩的事实是，现在的科学在研究生命现象的时候遇到了研究其他所有自然学科所没有遇见的极大的困难，很长时间内，这种困难是不被正视的，是模糊化的，但现在越来越多的科学家不得不正面这些现象的时候，却极为惊奇的发现，一直被排挤的东方思想不是完全不科学的。
来看在东方哲学思想指导下的一些实事：1. 气功，这是道家佛家里都有的，是相通的。几十年前气功是被“科学”所否定的，因为所谓的“气”在物质世界里是没有客体的，因此是不存在的，到处都有宣传，即，气功都是骗人的！最简单的例子，发气功后手臂断砖，端铁条，这是最常见的表演，用人体解剖学的结论去解释怎末都说不通，因为手臂里最硬的就是骨头，主要是碳酸钙，用死人骨头敲砖敲铁片，都是骨头断阿，骨头肯定没他们硬阿，当大活人把砖砸断的时候，就认为是作假欺骗观众。但是现在国际上已经张开研究气功的高潮了，什莫是“气”阿？从我们解剖学里，生理学里都无法解释，但却是实实在在存在的，还能一味的排斥吗 ？2.针灸，针灸以他无可争辩的治病事实是受到了肯定的，所以早就有人展开了研究。针灸所依据的所谓“经络”“穴位”是什莫阿？科学家们想从解剖学上找到答案，是血管吗 ？是神经吗 ？都不是；3.中医，这最早是从道家来的，中医看病讲究的也是气，看看老中医的证断结果就知道了。
这些都已经得到肯定了，但是谁能解释为什莫阿？着要从东方体系里面找答案，整个东方强调的不是实证，不是分解，不要求物质上的一对一，强调的是整体，是统一，是和谐。中医看肝，不直接去看肝哪里出了问题，而是通过一系列推倒，得出结论可能是肾出了问题，而最终治病可能先从泡脚开始，泡跑就好了，这只是个随便的例子。不像西医要拍x光，要抽血化验等，不是说西医部不对，而是说不完善，它所收的现在科学的指导是找出物质的病原。气功也是一样，发功之前要整个身体都进入状态才行。
还有很多建立在东方哲学体系上的一系列的观点，对宇宙，对世界，对人，它的研究方法不是实证的，而可能是通过少数大师的“观想”“入定”“闭关”等被认为是纯粹唯心的东西，但是却得到了同样正确的结论。而且对一些复杂的生命现象有很强的解释能力，这不应该正视吗 ？
我们现在的自然科学对上述是不承认的，是反对的，尽管已经有少数人意识到了。真正的完美的科学是具有极大的包容能力的，是能对认可东西做出解释的，而不是把自己不能解释的认为是“伪科学”，现在的科学还缺乏这样的胸怀，所以它还不是完美的，尽管它确实已经很完善了！ 新手多加一分!
即然现行自然科学体系的指导思想不是完美的, 那么东方哲学思想如何补足已有巨大成就的现在科学的指导思想?
我之所以用"补足"一词, 是我自己从今天科学工作者的实际工作层面上观察得来的. 没错, 现行西方科学知识的确不能对一些现象作出合理而又使人信服的解释. 但现在的做法不是用西方的方法去研究这些现象(如以西方的标准方法来提取中药中的有效成份), 就是只从理论层面上述说来自西方的科学指导不足或指出东方科学思想优胜之处, 而完全未能在实际层面做过什么事. 这也使人觉得东方科学思想在今天只是"说得好听, 没有实际用途"! 最近在考虑语文的科学化的问题，有一点认识拿出来谈一谈。
科学不是固定不变的，最起码目前的科学并不是完整的。科学也只是基于人类活动的认知体系，其作用也是提高人类对世界的认识效率而已。科学应该是我们使用的工具，而不应该是我们的生活准则。因为一旦科学成为了我们生活的准则，我们就会面临一种新的宗教。 完善是一个极限，怎么可能达到呢？
完善之后还可演绎，怎么可能完整呢？ 引用第2楼fenglong88于2006-12-03 09:15发表的“”:
最近在考虑语文的科学化的问题，有一点认识拿出来谈一谈。
语文的科学化? 内容是什么? 我倒看不出"现行的自然科学体系的指导思想不是完美的",在英法美国家的大多知识分子,他们的科学观点就是笛卡尔的观点,即"真正的科学依靠自明的前提,利用理性的原理,从中得出无可驳倒的结论",对他们而言,数学是知识最完美的形式.科学一词在19世纪确立是客观的知识和"外在"的知识以来,范围就专门指自然科学,主要是物理/化学/生物学,在于它们的研究方法与对象是否有客观性.
与笛卡尔的观点唱反调的意大利学者维柯,其所提倡的"新科学"是内在的知识,,要人掌握尽可能有的资料及细节,带有想象力的洞见去理解;主要用在历史,人文学科方面.
在德国,一个学科有系统的研究及方法,就是科学.
科学SCIENCE一词最先的意思来自法文SCIENCE和拉丁文SCIENTIA,意指描述一些知识KNOWLEDGE和技能SKILL,范围极广.18世纪才演变为有规则,有方法的观察与命题(PROPOSITIONS),范围指向任何深奥的学科.
在我国,多少有科学主义崇拜的心理,观察一些讨论者的观点,发现他们的科学观念倒是挺模糊地. 如果我没有理解错, "现行的自然科学体系的指导思想不是完美的"是指现在以西方为主的科学体系无法有效指导东方不少传统学科的研究或解释相关的现象. 中医气功是最明显的例子. 如果用笛卡尔的观点来理解什么是科学(真正的科学依靠自明的前提,利用理性的原理,从中得出无可驳倒的结论), 相信东西方的相关专业人士都不会有太大的异议. 但这基础观点却不包括科学的所有相关内容. 例如西方会科学观(指导思想之一)较倾向把事物细分, 再对各部份仔细研究. 东方则较强调对整体性. 这些科学观才是双方的重要分别. 楼上讨论的都很精彩，但是如果真正的讨论这个问题似乎不该还只是停留在批判笛卡尔时代的自然科学观，西方的科技哲学并不是停滞不前的呀。以今论古自然无往不胜，但难免有些胶柱鼓瑟。大都称赞中医观念的，大都会取出整体、统一之论。西方科学近数十年的发展，也在系统论、综合学科方面取得了很大的发展，从认识论来说正是由分至合，向整体观逐步迈进。相信没有多少真正的科学主义者到现在会否认整体性和统一性的重要性。问题是如此便可以获得科学或者说具备了整体、统一、和谐便可以说具备了科学性吗？诚如5楼所说，如果要讨论这个话题就必须限定在SCIENCE内，也就是我们常常讲的自然科学。但是科学的实质是什么，这虽然比较复杂。但康德将独断论比作政权，怀疑论比作游牧民族。同样也可把科学比喻成王国，而完全可以划出这个王国的疆域。它的界限就在研究对象的客观实在性，研究过程的可操作性，研究方法的合逻辑性，研究结果的可验证性或可重复性。楼主所说的气功中医等等正是这四个方面不符合标准。
引用第0楼hanbolijx于2006-12-01 11:46发表的“现行的自然科学体系的指导思想不是完美的”:
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真正的完美的科学是具有极大的包容能力的，是能对认可东西做出解释的，而不是把自己不能解释的认为是“伪科学”，现在的科学还缺乏这样的胸怀，所以它还不是完美的，尽管它确实已经很完善了！
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引一句话说明：科学方法是多元的，但不等于没有理性约束。 伪科学通常有两种——1、编造大家都不懂的理论；2、制造永动机或者用本科及以下知识解决歌德巴赫猜想 楼主强调东西方思想结合是没错的，但楼主似乎对当今自然科学体系的指导思想的描述还停留在过去还原论、机械论、决定论和线性思维一统天下的时代，实际上，从十九世纪四五十年代开始，随着系统科学研究的兴起，系统思维、整体思维、非线性也逐渐对自然科学几乎所有学科都产生了深远的影响，特别是从上世纪九十年代以来的复杂性科学的流行，更是标志着人类第二次科学革命和认知革命的开端。
1945年，贝塔朗菲提出一般系统论的概念，重提亚里士多德的“整体大于部分”，对一直占据统治地位的还原论进行了批判；
1949年，维纳在二战期间组织跨学科研究的基础上提出经典控制论；
70年代普利高津提出耗散结构理论，哈肯提出协同学理论；在以上基础上产生以自组织演化为核心的系统哲学；
70－80年代混沌和分形研究兴起，并在化学、物理、工程、经济等诸多领域得到有效应用；
80年代末，90年代初，发端于美国桑塔费研究所的复杂性科学研究，注重对涌现性和自主主体的研究，提倡用计算机模型进行复杂系统的模拟；
世纪之交，在已有系统科学研究的基础上，又出现两大新兴学科：系统生物学和复杂网络。
以上列举的这些研究，对于探索真实世界中的复杂系统的整体规律、有序之源、动力之源，已经给出了不少行之有效的思路、范式、工具，对许多领域，不只是自然科学，还有经济学、社会学等，都产生了深远的，革命性的影响，比如当今经济学研究领域，强调动态演化和新奇涌现的演化经济学已经逐渐取代了新古典经济学一统天下的局面。楼主如果忽略了这些，那么对“当今自然科学体系的指导思想”的认识就是不够全面的。
下面简单分析一下楼主列举的“当今自然科学体系的指导思想”：
“强调任何事物，任何现象都是可以由明确可见的公式，定理推导的；”这似乎是拉普拉斯的机械决定论的翻版。实际上后者早就在科学哲学教材里被无数次的批判，当然也早就不是主流科学界的指导思想。
“强调事物之间都存在对应关系，有因必有果，有果必有因。”这种说法没有错，但并不全面，实际上在自然科学体系中，也注重这些事实：
1．异因同果和异果同因；（这在生命科学中是很普遍的现象）
2．即使有确定性的因果规律，也无法对未来做出准确的预测。（上世纪七八十年代兴起的混沌学研究对此作出了科学的描述和说明）。
更全面的表述应当是，当今自然科学体系，达成共识的是一种动态性的因果关系网络，即：
1． 因果关系是动态变化的，决不是一成不变的，这在复杂适应性的生物、生态乃至人类社会系统中尤其如此。
2． 因果关系往往不是简单的一对一的线性关系，而是一种复杂的网络关系。在复杂网络中，“牵一发而动全身”，正反馈、负反馈、路径依赖、极限环、全局吸引子等复杂动态现象屡见不鲜。
实际上，系统科学的研究成果有不少是和古老道教思想的某些阐述不谋而合的，或者更准确的说，是对后者的具体化，科学化，精确化。个人印象最深刻的，是老庄学说的“一生二，二生三，三生万物。”这里的3是一个奇特的数字。3实际上也是复杂系统元素数目的最低限。数学家庞加莱在18世纪末发现，遵循确定性动力学运动方程的3个互相作用的天体，看似并不“复杂”，却也会产生极其复杂的运动模式，这就是混沌现象。
再来谈谈中医，我觉得传统中医研究一直用一种“整体黑箱”的手段，即注重输入输出的对应关系。另一方面，从DNA双螺旋结构发现以来，西方的分子生物学研究一直深受还原论统治。一直到了上世纪末，人们逐渐意识到，“基因”与“功能”两者并不是严格的一对一的“因果”关系，真正在起作用的是“基因网络”，或者“基因组”。1999年由美国人胡德创立了系统生物学，用动力学模型进行基因组、蛋白质组、代谢组水平上的整体系统建模、预测，努力对过去已有数据进行发掘和整合，再加上生物芯片技术及其它高通量检测技术的运用，这些研究成果也意味着东西方生物学思想开始走向整合，必将有助于我们用现代科学手段打开中医研究的“黑箱”。
未来大科学的图景，将是还原论思维和整体思维的互补，是东西方思维方式的融合，还将消除不同学科之间，以及文理科之间长期存在的隔阂。因耗散结构理论而获得1977年诺贝尔奖的普里高津在接受记者采访时认为，按传统的观点，自然科学坚持将自然描述为确定规律作用的结果，而人文科学则强调人类的自由和责任，两者似乎不可协调;但作为复杂性科学的代言人，普里高津坚信：
“新模型的产生将使物理学获得新生，…新物理学将弥合总是把自然描述成确定性实体的结果的自然科学与强调人性自由和责任的人文科学之间的鸿沟。” 与楼上握手。 引用第3楼醉乡常客于2006-12-03 12:28发表的“”:
完善是一个极限，怎么可能达到呢？
完善之后还可演绎，怎么可能完整呢？
说得好，永远没有什么完善的、完美的东西。
有一句话说得对：没有最好，只有更好。 同意icansee 。 关于针灸的科学研究，可以参考这一篇 http://tumotuo.blog.sohu.com/11645840.html 把自己不能解释的认为是“伪科学”————最大的害处！
第一，自己不能解释不等于别人不能解释。
第二，现在不能解释不等于将来也不能解释。
第三，永远不能解释也未必就是“伪科学”。
第四，“科学”具有若干限定——如时间（近现代以来）、区域（欧洲中心）、族群、理解与试验能力与手段。。。。而离开了这些前提，就被认为是“非科学”（如古代中国的科学，包括中医）甚至“伪科学”。 接着说： 非科学不等于伪科学
非科学不等于封建迷信
非科学不见得一定会危害人民大众的身心健康。 是啊，哲学、宗教、民俗、文化，，，，，，，本来就不是科学！ 自然科学是发展的，肯定不是完美的。优劣之取决于两条：
1.符合更多的试验
2.数学原理上更简单
两条"更"原则决定科学路线，而不是哲学决定科学思路。 没有全看完，但是了解到大家在说什么。的确是一个复杂的问题。
伪科学和中医相同的地方是，都是不可证明的。
所以中医引起争论
中医理论和科学理论相同的地方是，符合因果关系。
所以中医不倒
哲学和科学相同的地方是，崇尚理性。
而哲学仍然包含非理性，给中医留下缝隙
永远不能解释也未必就是“伪科学”，有点象诡辩，应该导致可知论和不可知论。
欢迎批评。 有这么多朋友对这个问题感兴趣，好玩哦。
楼上说的对，非科学不是伪科学。
非科学是指无法用科学手段证明的东西。人文科学大抵都是。
伪科学是明知是非科学却打着科学的名义诈骗那种。
中医的问题是缺乏一个能更精确化的思路或者方向，因果关系受医者的经验影响太大。
另外，貌似楼上的讨论没有把科学和学科分开。
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